在柔性版印刷中，網紋輥的網穴難免被墨皮、紙張涂料或紙毛或其他污垢等所堵塞，影響印刷的質量及網紋輥的正常使用，就必須及時清洗。有7種方法，但應注意的要點相同，即既要重清洗效果，又要避免對網紋輥的損傷。
一、化學清洗法
以燒堿溶液把堵塞在網紋輥網穴中的墨皮等溶解，接著以高壓噴水沖洗。清洗時，把網紋輥置于一封閉的槽內，邊轉動，邊以熱堿液沖淋，然后以高壓噴水清洗，最后以壓縮空氣吹干。其間，堿液及清水均分別回收，并過濾處理。此法的優點是對網紋輥的損傷小，而清洗效果好，尤其是對每英寸1000線以上的細網穴也能沖洗干凈。
二、噴“砂”法
以壓縮空氣把“砂”粒噴向網紋輥從而把墨皮等污垢從網穴中趕出來。“砂”并非真的砂粒，而是選硬度低于網紋輥表面的細小微粒物質，依靠壓縮空氣從噴槍中噴向轉動中的網紋輥。操作中要掌握以下要點：噴槍與網紋輥保持一定的距離，而且垂直，(不可偏斜，否則易損壞網穴壁) ，噴槍的移動速度與網紋輥的轉動速度要控制適當而且保持穩定。噴“砂”的壓力也要控制適當并恒定，偏輕則清洗效果差，偏重易損壞網紋輥。故此法不適宜日常使用，只適于間隔式使用。
三、烘干蘇打粉法
類似法二，但采用特別配制好的烘干蘇打粉作為噴“砂”，無毒害而性又柔和，不易損害網紋輥，去污效果好。噴時的空氣壓力勿超過40psi。此種方法不僅有專門的服務站提供，也可在公司內部尤其是在大型柔性版印刷印刷機上自己進行。
四、低溫法
利用液體二氧化碳制成的干冰粒子作為噴質，在80～100psi的氣壓下以噴槍噴向網紋輥。此法的優點是對環保有利，缺點是干冰的粒子通常大于0.04英寸，對200線以下的網穴就不易噴入。
五、噴塑料微粒法
此法常被宣傳為對陶瓷網紋輥無磨損的方法，與其他噴射法相似，有封閉的槽把網紋輥放入轉動，而噴槍按一定距離、角度與速度移動。如用聚乙烯微粒，噴射壓力大約掌握在60 psi。塑料粒子帶軟性，但邊緣很銳利，當噴到網穴表面時，就會彈出來，網穴內的污垢就被帶出來，然后通過一個空氣沖洗室把塑料微粒與所帶出來的污垢分離開來，塑料微粒又可循環再用。此法的最新發展已適用到yag激光雕刻的每英寸1000～1500線的網紋輥清洗中。
六、超聲波清洗
適用于高精細的激光雕刻陶瓷網紋輥清洗，現有專門的服務站，也可有由印刷廠自行操作。但此法的操作應視網紋輥的大小、網紋的特性及清洗設備的設計特性，有較大的區別對待。例如網紋越細，網穴壁就越薄，超聲處理的時間就不可過長。
由于水基油墨的特性，很多超聲波清洗商采取一種預浸泡的辦法，使網穴內干結的墨渣軟化，然后再進行超聲波處理，預浸泡的時間往往占到整個清洗時間的80－90％。預浸泡液是特配的，ph很高，有助于墨渣軟化，超聲波處理時的聲波水平就可降低并達到清洗效果，而又不致于損壞網穴。
在超聲波清洗中小心平衡以下因素很重要：
超聲的力直接影響空穴作用的強弱，關于其高低水平的推薦今昔已有很大出入，因為以往多為狹幅網紋輥只須部分浸入，而現在有寬幅網紋輥，超聲波清洗時需要用大槽把它完全浸沒，因此超聲波的強弱也就作大的變動。
超聲波的頻率與空穴作用的強弱成倒比關系。頻率增加時，氣泡尺寸縮小，強度也減弱。一般來說，40千赫(每秒40000周)作為最低水準，使氣泡大小適合進入網穴去污，但并非絕對，需視設備的具體情況而異。
清洗液的溫度對空穴作用的強弱有很大影響。溫度高使清洗液的粘度降低而強度上升，故對清洗效果有利。一般溫度宜在華氏120～140度之間。對特定的設備用特定的清洗液。(如激光雕刻陶瓷網紋輥)，其清洗時溫度也應根據清洗設備制造商所推薦的掌握好。
清洗時間也很關鍵，時間過長會損傷網紋輥的表面涂料或網穴。采用預浸泡法再進行超聲波清洗時最好不超過5分鐘，但也并非絕對。
七、激光清洗
最新的一種方法，通過特殊鏡頭的激光射向網紋輥，既能使油墨、膠粘劑、蠟、有機硅等殘留物氣化，而又不損害網紋輥。


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